W Szpitalu Pluszowego Misia pluszak jest pacjentem, a przedszkolak jego rodzicem. Dzieci przychodzą ze swymi podopiecznymi do lekarza – studenta – z różnymi problemami: od bólu głowy, przez złamania, aż po różnego rodzaju urazy narządów wewnętrznych. Lekarz przeprowadza z nimi wywiad, a następnie badanie fizykalne, podczas którego dzieci zapoznają się z działaniem m.in. stetoskopu. W razie konieczności wykonywane są badania diagnostyczne, np. RTG, USG, EKG, ECHO serca. Dzięki temu maluchy przekonują się, że takie badania nie są bolesne. W szczególnie trudnych przypadkach, jak np. złamanie nogi, konieczne jest skierowanie misia na operację. Na sali operacyjnej „mali rodzice” mogą asystować lekarzowi i pomagają w opatrywaniu ran swoich „dzieci”. Po wizycie u lekarza dziecko może bezpośrednio udać się z receptą do pobliskiej apteki, gdzie otrzyma lek dla swojego misia.

Finał akcji Szpital Pluszowego Misia EMSA odbywa się dwa razy do roku – na wiosnę i na jesieni. W każdym finale bierze udział kilkaset dzieci i kilkudziesięciu studentów. Projekt „Szpital Pluszowego Misia” objął patronatem m.in. rektor WUM.